Главная страница Карта сайта Контактная информация




Главная » Студентам » Курсовые работы » Список потенциальных руководителей »
 

 

Алексеевский Андрей Владимирович

Звание, должность: к.ф.-м.н., в.н.с.
Группа биоинформатики отдела математических методов в биологии

Телефон: 939-54-14
Web: Сайт группы: http://mouse.belozersky.msu.ru/

Страница сотрудника в системе ИСТИНА МГУ:
http://istina.msu.ru/workers/1429714/

Краткая аннотация научных интересов:

"Наша группа занимается:
Сравнением геномов бактерий и архей (пакет NPG-explorer, NPG = нуклеотидный пангеном) для понимания движущих сил эволюции прокариот. Есть биологические задачи, связанные с применением пакета. Есть задача разработать реаннотацию генов, глядя на блоки NPG. Есть задача, связанная с программированием, как справляться с многими сотнями геномов на входе.
Распределением ""слов"" (коротких последовательностей нуклеотидов) в геномах для: (i) выявления слов, число которых находится под отбором, и причин этого; (ii) выявления мутаций, частота которых определяется контекстом (тем, какие нуклеотиды расположены по соседству).
Изучением эволюции защитных систем (защита от бактериофагов) прокариот. Они мобильны. Это значит, что часто распространяются с помощью горизонтальных переносов между видами в одной микробиоте. Для этого разрабатываем новые методы описания эволюции мобильных элементов. Для нас базовый пример изучаемых защитных систем - системы рестрикции-модификации.
Существует много алгоритмов реконструкции филогенетических деревьев на основе выравнивания последовательностей белков, ДНК или РНК. Какой алгоритм использовать? Как добиться более достоверного результата? Как улучшить существующие алгоритмы? Мы ищем ответы на такие вопросы. Нужен интерес к филогении и к программированию.
Пространственные структуры белков. Как описать архитектуру, т.е. взаимное расположение альфа спиралей и бета-листов в пространстве? По этой теме Аксяновым были предложены и реализованы как веб-сервис алгоритмы, аналогов которым нет. Эта тема подвисла, т.к. Жени Аксянова нет больше с нами. Ищем кто бы завершил эту выдающуюся работу. Нужно интересоваться структурами белков и программировать.
Наша публичная база структур ДНК-белковых комплексов NPIDB существует давно. Обновляется, поддерживается и развивается.
Мы открыты для новых тем, и время от времени, пробуем что-нибудь новенькое. Придумываем как изучать филогению ""доменов малой сложности"" на примере доменов, состоящих преимущественно из глицинов и аргининов. Недавно предприняли поиск и изучение генов белков, закодированных друг напротив друга на противоположных цепочках ДНК.
Ключевые слова: Биоинформатика, Анализ последовательностей, Анализ больших данных, Алгоритмы (программирование), Эволюционная биология, Филогенетика, Системная биология, Структурная биология (молекулярное моделирование)
Основные методы: Программирование на Python и C, анализ последовательностей, в том числе филогенетический анализ, работа с базами данных (общедоступными и создаваемыми у нас)
Состав лаборатории: Андрей Владимирович Алексеевский, Сергей Александрович Спирин, Иван Сергеевич Русинов"

Андрей Владимирович Алексеевский - руководитель 60ти курсовых проектов студентов ФББ.

Студенты, выполнявшие курсовые работы:
(Наведите курсор на имя студента, чтобы увидеть тему работы)

Публикации:

Список публикаций: http://mouse.belozersky.msu.ru/publications.html

По вопросам исправления, дополнения или удаления данной информации можно обращаться к ст. преподавателю Людмиле Зиновкиной (luzinovkina@gmail.com).



 


  Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова



Почтовый адрес:
119991 г. Москва, ГСП-1, Ленинские горы МГУ 1, стр. 73,
Факультет биоинженерии и биоинформатики, комната 433.

Телефон / факс: +7 (495) 939-41-95
Справочная телефонов МГУ +7 (495) 939-10-00

E-mail: bioeng@genebee.msu.ru

© 2011 Факультет биоинженерии и биоинформатики
Московского Государственного Университета имени М.В.Ломоносова


 





- создание сайта, 2010