Главная страница Карта сайта Контактная информация




Главная » Студентам » Курсовые работы » Список потенциальных руководителей »
 

 

Субач Оксана Михайловна

Звание, должность: к.х.н., с.н.с.
Московский Физико-Технический Институт (федеральный университет)

Web: http://mipt.ru/science/labs/Stem_cells_lab/

Краткая аннотация научных интересов:

"Наша группа входит в лабораторию стволовых клеток мозга в Московском Физико-Техническом Институте (федеральном университете) под руководством Ениколопова Григория Николаевича. Наша лаборатория располагается на территории Курчатовского НИЦ и интегрирована в отдел нейронаук Курчатовского НБИКС-центра. Лаборатория и Курчатовский НБИКС-центр оснащены современным оборудованием. Сайт нашей лаборатории: http://mipt.ru/science/labs/Stem_cells_lab/
Наша группа занимается разработкой новых флуоресцентных белков и биосенсоров. Флуоресцентные белки – это генетически кодируемые белки, которые могут быть использованы для мечения индивидуальных нуклеиновых кислот через ДНК- иРНК-связывающие белки, для мечения органелл, например, митохондрий, клеток и даже для создания трансгенных организмов. Генетически кодируемые биосенсоры реагируют на определённые низкомолекулярные вещества в клетке и могут быть использованы для визуализации ферментативной активности, конформационного состояния белков, изменений концентраций определённых молекул, для наблюдения за различными физиологическими событиями in vivo, включая живые клетки, ткани и целые организмы. Наша работа направлена на разработку флуоресцентных белков и биосенсоров для изучения работы мозга, особенно для исследования деления и дифференцировки стволовых клеток мозга и функционирования нейронов. Сотрудники нашей группы имеют длительный опыт работы за рубежом и публикации в журналах с высоким импакт-фактором, таких как Nature Methods, Nature Chemical Biology и Nature Communications. Если Вы заинтересовались нашей работой, приглашаем Вас в нашу лабораторию.
Телефоны для контактов: Оксана – 8(965)253-7457
Фёдор – 8(968)962-7083
e-mail: oksana.subach@gmail.com
"

Публикации:

1. Pletnev, S., Shcherbakova, D.M., Subach, O.M., Pletneva, N.V., Malashkevich, V.N., Almo, S.C., Dauter, Z. and Verkhusha, V.V. Orange Fluorescent Proteins: Structural Studies of LSSmOrange, PSmOrange and PSmOrange2. PLoS ONE, 2014, in press.

2. Costantini, L.M., Subach, O.M., Jaureguiberry-Bravo, M., Verkhusha, V.V., Snapp, E.L. Cysteineless non-glycosylated monomeric blue fluorescent protein, secBFP2, for studies in the eukaryotic secretory pathway. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2013, 430: 1114-1119.

3. Subach, O.M., Entenberg, D., Condeelis, J.S., Verkhusha, V.V. A FRET-facilitated photoswitching using an orange fluorescent protein with the fast photoconversion kinetics. J. Am. Chem. Soc., 2012, 134: 14789-14799.

4. Shcherbakova, D.M., Subach, O.M., Verkhusha, V.V. Red fluorescent proteins: advanced imaging applications and future design. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2012, 51: 10724-10738.

5. Bravaya, K.B., Subach, O.M., Korovina, N., Verkhusha, V.V., Krylov, A.I. Insight into the common mechanism of the chromophore formation in the red fluorescent proteins: the elusive blue intermediate revealed. J. Am. Chem. Soc., 2012, 134: 2807-2814.

6. Subach, O.M, Cranfill, P.J., Davidson, W.M., Verkhusha, V.V. An enhanced monomeric blue fluorescent protein with the high chemical stability of the chromophore. PLoS ONE, 2011, 6: e28674.

7. Subach, O.M., Patterson, G.H., Ting, L.M., Wang, Y., Condeelis, J.S., Verkhusha, V.V.

A photoswitchable orange-to-far-red fluorescent protein, PSmOrange. Nat. Methods, 2011, 8: 771-777.

8. Subach, O.M., Malashkevich, V.N., Zencheck, W.D., Morozova, K.S., Piatkevich, K.D., Almo, S.C., Verkhusha, V.V. Structural characterization of acylimine-containing blue and red chromophores in mTagBFP and TagRFP fluorescent proteins. Chem. Biol., 2010, 17: 333-341.

9. Piatkevich, K.D., Hulit, J., Subach, O.M., Wu, B., Abdulla, A., Segall, J.E., Verkhusha, V.V. Monomeric red fluorescent proteins with a large Stokes shift. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2010, 107: 5369-5374.

10. Subach, F.V., Subach, O.M. (first co-author), Gundorov, I.S., Morozova, K.S., Piatkevich, K.D., Cuervo, A.M., Verkhusha, V.V. Monomeric fluorescent timers that change color from blue to red. Nat. Chem. Biol., 2009, 5: 118-126.

11. Darii, M.V., Cherepanova, N.A., Subach, O.M., Kirsanova, O.V., Raskó, T., Ślaska-Kiss, K., Kiss, A., Deville-Bonne, D., Reboud-Ravaux, M., Gromova, E.S. Mutational analysis of the CG recognizing DNA methyltransferase SssI: Insight into enzyme-DNA interactions. Biochim. Biophys. Acta., 2009, 1794: 1654-1662.

12. Subach, O.M., Gundorov, I.S., Yoshimura, M., Subach, F.V., Zhang, J., Grünwald, D., Souslova, E.A., Chudakov, D.M., Verkhusha, V.V. Conversion of red fluorescent protein into a bright blue probe. Chem. Biol., 2008, 15: 1116-1124.

13. Peña, P.V., Hom, R.A., Hung, T., Lin, H., Kuo, A.J., Wong, R.P., Subach, O.M., Champagne, K.S., Zhao, R., Verkhusha, V.V., Li, G., Gozani, O., Kutateladze, T.G. Histone H3K4me3 binding is required for the DNA repair and apoptotic activities of ING1 tumor suppressor. J. Mol. Biol., 2008 , 380: 303-312.

14. Hom, R.A., Vora, M., Regner, M., Subach, O.M., Cho, W., Verkhusha, V.V., Stahelin, R.V., Kutateladze, T.G. pH-dependent binding of the Epsin ENTH domain and the AP180 ANTH domain to PI(4,5)P2-containing bilayers. J. Mol. Biol., 2007, 373: 412-423.

15. Koudan, E.V., Brevnov, M.G., Subach, O.M., Rechkoblit, O.A., Bujnicki, J.M., Gromova, E.S. Probing of Contacts between EcoRII DNA Methyltransferase and DNA with the Use of Substrate Analogs and Molecular Modeling. Mol Biol (Mosk)., 2007, 41: 806–819.

16. Subach, O.M., Maltseva, D.V., Shastry, A., Kolbanovskiy, A., Klimasauskas, S., Geacintov, N.E., Gromova, E.S. The stereochemistry of benzo[a]pyrene-2'-deoxyguanosine adducts affects DNA methylation by SssI and HhaI DNA methyltransferases. FEBS J., 2007, 274: 2121-2134.

17. Subach, O.M., Baskunov, V.B., Darii, M.V., Maltseva, D.V., Alexandrov, D.A., Kirsanova, O.V., Kolbanovskiy, A., Kolbanovskiy, M., Johnson, F., Bonala, R., Geacintov, N.E., Gromova, E.S. Impact of benzo[a]pyrene-2’-deoxyguanosine lesions on methylation of DNA by SssI and HhaI DNA methyltransferases. Biochemistry, 2006, 45: 6142-6159.

18. Subach, O.M., Khoroshaev, A.V., Gerasimov, D.N., Baskunov, V.B., Shchyolkina, A.K., Gromova, E.S.. 2-Pyrimidinone as a probe for studying the EcoRII DNA methyltransferase-substrate interaction. Eur. J. Biochem., 2004, 271: 2391-2399.

19. Koudan, E.V., Subach, O.M., Korshunova, G.A., Romanova, E.A., Eritja, R., Gromova, E.S. DNA duplexes containing photoactive derivatives of 2'-deoxyuridine as photocrosslinking probes for EcoRII DNA methyltransferase-substrate interaction. J. Biomol. Struct. Dyn., 2002, 20: 421-428.

20. Gritsenko (Subach), O.M., Koudan, E.V., Mikhailov, S.N., Ermolinsky, B.S., van Aerschot, A., Herdewijn, P., Gromova, E.S. Affinity modification of EcoRII DNA methyltransferase by the dialdehyde-substituted DNA duplexes: mapping the enzyme region that interacts with DNA. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids, 2002, 21: 753-764.

21. Gritsenko (Subach), O.M., Mikhailov, S.N., Efimtseva, E.V., Van Aerschot, A., Herdewijn, P., Gromova, E.S. Probing the MvaI methyltransferase region that interacts with DNA: affinity labeling with the dialdehyde-containing DNA duplexes. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids, 2000, 19: 1805-1820.

22. Mikhailov, S.N., Ermolinsky, B.S., Efimtseva, E.V., Moiseyev, G.P., Tunitskaya, V.L., Rusakova, E.E., Kochetkov, S.N., Gritsenko (Subach), O.M., Gromova, E.S., van Aerschot, A., Herdewijn, P. Oligonucleotides containing hexapyranosyl nucleosides and disaccharide nucleosides: synthesis, incorporation of dialdehyde groups and use as affinity reagents. Collection Symposium Series, 1999, 2: 141-144.

23. Mikhailov, S.N., Ermolinsky, B.S., Efimtseva, E.V., Brevnov, M.G., Gritsenko (Subach), O.M., Gromova, E.S., van Aerschot, A., Herdewijn, P. Oligonucleotides with reactive dialdehyde groups as novel affinity reagents. Nucleotides & Nucleosides, 1999, 18: 1469-1470.

24. Gritsenko (Subach), O.M., Gromova, E.S. Dialdehyde containing nucleic acids and their components: synthesis, properties and affinity modification of proteins. Review. Russian Chemical Reviews, 1999, 68: 267-278.

25. Topin, A.N., Gritsenko (Subach), O.M., Brevnov, M.G., Gromova, E.S., Korshunova, G.A. Synthesis of a new photo-cross-linking nucleoside analogue containing an aryl(trifluoromethyl)diazirine group: application for EcoRII and MvaI restriction-modification enzymes. Nucleotides & Nucleosides, 1998, 17: 1163-1175.

26. Brevnov, M.G., Gritsenko (Subach), O.M., Mikhailov, S.N., Efimtseva, E.V., Ermolinsky, B.S., van Aerschot, A., Herdewijn, P., Repyk, A.V., Gromova, E.S. DNA duplexes with reactive dialdehyde groups as novel reagents for cross-linking to restriction-modification enzymes. Nucleic Acids Res., 1997, 25: 3302-3309.

27. Mikhailov, S.N., Efimtseva, E.V., Ermolinsky, B.S., Fomicheva, M.V., Gritsenko (Subach), O.M., Brevnov, M.G., Gromova, E.S., Schepers, G., van Aerschot, A., Herdewijn, P. Regioselective incorporation of reactive dialdehyde groups into synthetic oligonucleotides. Collection Czech. Chem. Comm., Special Issue, 1996, 61: 210-212.

По вопросам исправления, дополнения или удаления данной информации можно обращаться к ст. преподавателю Людмиле Зиновкиной (luzinovkina@gmail.com).



 


  Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова



Почтовый адрес:
119991 г. Москва, ГСП-1, Ленинские горы МГУ 1, стр. 73,
Факультет биоинженерии и биоинформатики, комната 433.

Телефон / факс: +7 (495) 939-41-95
Справочная телефонов МГУ +7 (495) 939-10-00

E-mail: bioeng@genebee.msu.ru

© 2011 Факультет биоинженерии и биоинформатики
Московского Государственного Университета имени М.В.Ломоносова


 





- создание сайта, 2010