Зиганшин Рустам Хусманович

Звание, должность: к.х.н., с.н.с.
Институт Биоорганической Химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ)

Web: http://www.ibch.ru/structure/groups/proteomics/332

Краткая аннотация научных интересов:

"В настоящее время в лаборатории развиваются два основных направления исследований:
• Поиск в биологических жидкостях человека пептидно-белковых маркеров социально-значимых заболеваний
• Структурная и функциональная протеомика мха Physcomitrella patens

Эффективное и своевременное лечение онкологических заболеваний напрямую связано с наличием методов их ранней диагностики. В области диагностики большой интерес представляет поиск новых биомаркеров. На сегодня для поиска новых биомаркеров онкологических заболеваний наиболее часто используются протеомные подходы.
В лаборатории протеомики Института Биоорганической Химии РАН (ИБХ) проводятся работы по поиску пептидных и белковых маркеров социально-значимых заболеваний человека (онкологические заболевания, доброкачественные заболевания репродуктивной системы женщин, нейродегенеративные заболеванияб аутоиммуннитет и др.). В частности в лаборатории был разработан новый метод анализа пептидов, ассоциированных с мажорными белками плазмы/сыворотки крови. Разработка и изучение данного подхода описаны в методической статье: Ziganshin R, Arapidi G, Azarkin I, Zaryadieva E, Alexeev D, Govorun V, Ivanov V. «New method for peptide desorption from abundant blood proteins for plasma-serum peptidome analyses by mass spectrometry», Journal of Proteomics – 2011; 74(5): 595-606.
В рамках работы по поиску пептидно-белковых биомаркеров ряда социально-значимых заболеваний человека (онкология, аутоиммуннитет, нейродегенеративные заболевания, заболевания репродуктивной системы) мы предлагаем следующие темы работ:
- Выявление функциональных связей между пептидными биомаркерами социально-значимых заболеваний человека, идентифицированными в сыворотке крови
- Поиск специфических протеаз, принимающих участие в образовании потенциальных пептидных маркеров социально-значимых заболеваний человека
- Анализ пост-трансляционных белков и пептидов в сыворотке крови и установление их роли в развитии патологического процесса в организме человека

В рамках работы по структурной и функциональной протеомики и транскриптомики мха Physcomitrella patens мы предлагаем следующие темы работ:
- Поиск пептидов, кодируемых короткими рамками считывания (sORF), основываясь на данных транскриптома и пептидома мха Physcomitrella patens
- Протеогеномная ре-аннотация генов мха Physcomitrella patens"

Публикации:

1) Сорокина А.В., Радзинский В.Е., Зиганшин Р.Х., Арапиди Г.П., Говорун В.М. (2012). Поиск специфичных маркеров рака яичников в сыворотке крови женщин с использованием МАЛДИ масс-спектрометрии. Vrich (1), 39–42

2) Ziganshin R., Arapidi G., Azarkin I., Zaryadieva E., Alexeev D., Govorun V., Ivanov V. (2011). New method for peptide desorption from abundant blood proteins for plasma/serum peptidome analyses by mass spectrometry. J Proteomics 74 (5), 595–606

3) Sorokina A.V., Radzinsky V.E., Sokhova Z.M., Kosikova T.A., Ziganshin R.K.h., Arapidi G.P., Govorun V.M. (2011). Potential serum proteomic markers of benign uterine diseases. SPM Obstetrics and Gynecology (3), 47–51

4) Ziganshin R.K.h., Arapidi G.P., Azarkin I.V., Balmasova I.P., Timchenko O.L., Fedkina Iu.A., Morozova E.A., Piradov M.A., Suponeva N.A., Iushchuk N.D., Govorun V.M. (2011). Proteomic technologies for identification of serum potential biomarkers of autoimmune demyelinating polyneuropathies. Bioorg. Khim. 37 (1), 36–44

5) Sorokina A.V., Radzinsky V.E., Ziganshin R.K.h., Arapidi G.P. (2011). Algorithm of diagnosis of adenomyosis by non-invasive methods. Vestnik NMCC of Pirogov 6 (1), 124–128

6) Ziganshin R.K.h., Alekseev D.G., Arapidi G.P., Ivanov V.T., Moshkovskiĭ S.A., Govorun V.M. (2008). Serum proteome profiling for ovarion cancer diagnosis using ClinProt magnetic bead technique and MALDI-TOF-mass-spectrometry. Biomed Khim 54 (4), 408–19

По вопросам исправления, дополнения или удаления данной информации можно обращаться к ст. преподавателю Людмиле Зиновкиной (luzinovkina@gmail.com).